Apesar de toda a importância que a empresa açucareira representava para a política colonizadora de Portugal, outras atividades eram realizadas para atender as necessidades da população da colônia, e ficaram conhecidas como atividades acessórias ou ainda secundárias. Elas eram destinadas para a exportação e também para a subsistência dos colonos, como os cultivos de tabaco, de mandioca, de algodão e a produção de rapadura e de aguardente.
A mandioca estava na base da alimentação, especialmente na dos escravos, e sua produção chegou a ser imposta aos senhores a fim de evitar uma crise alimentar, que poderia afetar toda a população e acabar comprometendo o projeto colonizador. Contudo, essa imposição era, na maioria das vezes, desrespeitada pelos proprietários, que não se mostravam interessados em desviar esforços, sobretudo, mão de obra da produção açucareira, atividade ainda muito mais lucrativa.
No comércio de negros das regiões da África, o fumo, que era produzido principalmente no estado da Bahia, era considerado uma importante moeda de troca. Vale ressaltar, que o fumo chegou até a representar na colônia, a segunda maior receita de exportação agrícola. O fato de exigir menos da terra do que os outros produtos, de exigir menos mão de obra para o seu cultivo e a sua importância na economia acabaram por atrair muitos lavradores. A partir do início do século XVII, o tabaco que era produzido inicialmente especialmente por brancos passou a contar com a participação de cerca de 30% de negros livros e mulatos na sua produção. Mas, nunca chegou a ser uma atividade colonial, já que a essa atividade dedicavam-se os segmentos menos poderosos da sociedade.
Embora em número menor, a produção de rapadura e de aguardente, também era de grande importância na troca de escravos africanos, sendo realizada principalmente no litoral de São Vicente. Já o cultivo de algodão, que era mais intenso no estado do Maranhão, estava ligado à confecção das roupas dos escravos, já que os senhores de engenho e toda a sua família usavam tecidos oriundos da Europa. No entanto, ele logo acabou se tornando um produto voltado para a exportação.
A extração de drogas do sertão e a pecuária, atividades caracterizadas como secundárias, juntamente com as expedições militares contra a invasão de estrangeiros e em busca de metais preciosos e índios, decisivas para a ocupação do interior brasileiro e a ampliação das fronteiras da colônia.
A ocupação do Nordeste e da região Amazônica
Complementando a empresa açucareira, nasceu a atividade de criação de gado. Embora essa fosse uma atividade de menos importância no cenário econômico, a pecuária oferecia a força motriz dos engenhos, caracterizando um meio de alimentação, um meio de transporte e existia ainda o couro, que era utilizado na confecção de calçados, de roupas, de móveis e utensílios para os moradores dos engenhos.
A criação de gado favoreceu seu avanço por todo o sertão, já que eles se encontravam soltos nas terras e necessitavam sempre de novas pastagens e de novas áreas. No século XVII surgiram os currais, importantes fazendas de gado. Foram os currais que garantiram a ocupação do interior do Nordeste.
A pecuária utilizava como mão de obra os trabalhadores considerados livres, como os negros e os mestiços de indígenas. Como pagamento, eles em geral recebiam uma cria para cada quatro animais que criavam ao longo de cinco anos, ato que acabava servido de estímulo ao vaqueiro. A crise do açúcar tempos antes, acabou atraindo para essa atividade, muitos colonos de extratos sociais inferiores, o que significa dizer que a pecuária permitia mobilidade social.
Já no século XVIII, a necessidade de transporte para a empresa mineradora no centro-sul da colônia e de abastecimento alimentar acabou impulsionando a atividade de criação na região sulina e a pecuária no Nordeste. Além disso, o combate aos estrangeiros, também acabou por contribuir para a ocupação da região amazônica e o interior do Nordeste. Ao longo do tempo, as fortificações que foram construídas pelas expedições militares para combater possíveis invasões, acaram se transformando em importantes cidades da região.
No ano de 1621, o governo da União Ibérica, decidiu por criar na região amazônica, pela criação do Grão-Pará e do estado do Maranhão, o que fez de Belém a base para afastar as constantes investidas dos estrangeiros que colocavam em risco o acesso às minas de prata espanholas da região do Peru.
Ocupar o estado do Amazonas ainda contou com jesuítas e apresadores de indígenas, os fundadores de dezenas aldeias de catequese. No entanto, a principal base da economia para que a Amazônia fosse ocupada foi a coleta de recursos florestais, conhecidas como as drogas do sertão, como a baunilha, o cacau, as ervas aromáticas, as ervas medicinais e o guaraná, administrada pelos jesuítas, que utilizavam o conhecimento e também a mão de obra de indígenas.